在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在年1月11-13日北京鼓楼推出《扩增子有参无参分析和功能预测》专题培训第二期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+集中讲解答疑+上课视频回看反复练习)，“教—练—答—用”四个环节统一协调，真正实现独立分析大数据。

关于学习生物信息学分析的重要性，请阅读《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》。

课程简介

请详细阅读课程简介，如果以下内容您全精通，不必参加此培训。

本课程一共3天，每天6节课，共18节课，全部课程均理论与实战结合(只要课上讲的分析，都是可以带你自己实现的)。从分析平台搭建、Linux和R基础、图表解读和实战、扩增子分析标准流程、功能预测、统计分析以及各类高级分析(进化树、网络、环境因子、机器学习等)，和CNS级图片修改排版。3天时间，老司机带您完成自学需要3个月甚至是3年的崎岖之路，助力您真正玩转扩增子分析。

课程大纲

每节课1小时一个主题，理论结合实战，学懂原理，实战实操，全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排，如11代表 天 节课，26代表第二天第六节课，41为两周后的线上集中视频答疑。

编号主题简介11分析平台搭建Win10:git、R、Rstudio、R包、STAMP、AI等12Linux基础简介、优势、常用操作、序列处理等13R基础发展史、生物学中应用、ggplot2绘图14图表解读常用16种图表意义、使用场景15结果可视化16种图表的数据整理和在线绘制16发表级图版制作AdobeIllustrator制作CNS标准图版21扩增子介绍背景知识、分析原理、流程参数详解22扩增子分析流程Vsearch+Usearch跨平台 分析流程23STAMP统计分析玩转样本筛选、差异比较和统计图表保存24多样性分析R语言实现多样性、物种组成和差异比较图表25QIIME2Linux平台QIIME2 私人定制分析流程26网络分析文章解读，实战网络分析和网络属性比较31PICRUSt功能预测KEEG功能组成预测和统计绘图32Faprotax,Bugbase细菌元素循环和表型层面功能挖掘33机器学习随机森林分类回归，重现两篇Nature分析34进化分析序列筛选、比对、进化树构建和美化35环境因子文章解读，高分文章重现36研究热点展望总结、把握研究热点、展望技术发展趋势37考试50题自评学习效果、知识点回顾41答疑-线上答疑、考试内容串讲

教程内容简介如下：

一、生信基础

还在为没有Linux服务器而无法分析扩增子数据而苦恼吗？其实你的个人电脑就是扩增子分析的利器。易生信团队独创实现了跨平台的分析流程，在大家的Windows笔记本上可以轻松实现扩增子领域的绝大多数分析， 节课带你轻松在自己的本本上搭建数据分析平台。

图1.易生信首创基于Win10优化的扩增子分析流程，笔记本秒变大数据分析平台

推荐使用Windows10系统，8G内存分析更快更流畅。我们也会带大家在Linux上配置整个分析流程(Mac跟Linux类似，无做区别对待，但部分软件可能安装方式不同，未做深入测试，不建议参加培训时使用）。

同时讲解生物学家必要掌握的Shell和R语言基础知识，保证你高效、稳定的使用扩增子分析平台。

图2.Shell和R学习大纲，首创Rstuio中鼠标点击可完成Shell脚本和R语言分析，既打开生信的大门，又不会增加生物学家时间成本

二、图表解读和绘制专题

针对很多老师缺少系统的生信背景，存在看不懂分析文章图表，更对绘制各式图表手足无措的情况。

我们推出过如下两个系列，共16篇原创文章，对8种图型进行讲解和R语言绘图。

扩增子图表解读-理解文章思路

扩增子统计绘图-冲击高分文章

但这些只是入门，在培训上，我们将结合发表高水平文章，进一步讲解16种常用分析图的原理和使用范围，让你不仅读懂图，更知道如何应用于自己的研究，并亲自轻松完成绘图。

针对大家使用R语言绘图学习时间成本较高的问题，易生团队针对常用16种图开发了免费绘图网站，一键出图，更可鼠标点选参数修改图形的个性样式。

图3.16种常用图形的表达的意义、使用场景和绘制。可使用我们的在线绘图工具实现。

为了让各种统计图片实现出版级的组图，特开设了一节AdobeIllustrator修图排版课，讲述基本使用技巧，轻松掌握精髓，让你文章图版档次向CNS看齐，轻松成为实验室的修图和拼图达人。

图4.AI排版本子图为CNS出版级组图示例(Science,封面文章)

三、扩增子理论和统计分析流程

图5.典型的扩增子结构模型图

扩增子背景知识

背景：国际微生物组(人类HMP、环境EMP)计划、中国微生物组计划

研究对象：人、动物、植物、环境

研究方法：培养组学、扩增子测序(最常用)、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组、宏代谢组、宏表观组等

宏基因组学的研究热点：微生物多样性、宏基因组、培养组、肠菌与疾病、MWAS

扩增子基本原理：细菌/古菌16S、真菌18S/ITS结构、引物选择等

实验设计：样品制备和建库中的误区

文章套路：扩增子分析SCI文章的物种组成、功能预测常用套路

主流方法优缺点比较：QIIME、QIIME2、mothur、Usearch-unois3、dada2等方法

扩增子分析流程

之前我们发布了基于QIIME(引用+)+Usearch(引用+)组合的史上最详细中文扩增子分析流程，累计阅读+

扩增子分析流程-把握分析细节

同时在去年也推出了年正式接档QIIME的 流程QIIME2的官方中文帮助文档，累计阅读5万+

QIIME2中文教程-把握分析趋势

想使用QIIME和QIIME2的小伙伴可直接点击上方链接学习。课上也会带大家用服务器操作，分享 私人定制流程。

但上面两种分析流程仍有很多缺点，如需要Linux服务器，安装和操作复杂，学习时间成本过高等不足。

易生信团队组织宏基因组、生信宝典的一线生信专家，为广大生物学家，定制了一套安装部署简单、鼠标点击编程、支持主流操作系统、学习成本低、又灵活的扩增子分析流程，助力生物学家轻松分析数据，更专注生物学现象的挖掘。

图6.扩增子分析流程金字塔，数据量从下向上逐渐减少

扩增子流程如下：

实验设计的编写

HiSeq/MiSeq数据的质控：fastqc,mulitqc

质控流程：双端序列合并、切除barcode和引物、质控

生成OTU/ESV：序列去冗余、聚类clust_otu(OTU)或去噪unoise3、dada2(ESV,ExactSequenceVariants)

OTU筛选：嵌合体生成原理及去除方法、去除线粒体、叶绿体和宿主非特异扩增污染、生成代表性序列和OTU表

物种注释及进化树构建

常用Alpha多样性指数计算

常用Beta多样性距离矩阵计算

现在你可以在自己笔记本或台式机上轻松分析扩增子啦！并且支持 的非聚类OTU的ESV方法，想自己亲自分析的朋友，快来北京参加9月扩增子专题培训班吧！这是今年 一期，错过就要等明年了。

图7.常用宏基因组统计作图软件STAMPLEfSe

引用过千次的STAMP绘制Extendedbarplot大家应该很常见，带你半小时速成。LEfSE引用超次，它的柱状图和圈图随处可见，但服务器超级难用，即上传痛苦，又要久等。我们为学员定制了专用国内服务器，随时为你服务。有服务器的伙伴还可以获得安装和使用的教程，在自己的服务器上用，不受网络和地域限制自己随时随便用。

四、可重复计算统计绘图

对于可重复计算要求比较高、对细节有进一步分析要求的学员，我们还会教大家当前最 的R语言统计分析框架，让你零基础轻松实现可重复计算，满足 文章的代码公开和网页可重复要求(这些资源在生信公司是价格几十万的绝密流程代码，一般人是没有机会见到的)。

图8.数10种高质量图的R源代码实现可重复计算

在自己电脑上轻松修改输入文件、参数。可全程记录分析过程，保证从数据到发表级图形的可重复计算，让团队分析水平上升到大牛级别。

Alpha多样性各种指数：Shannon、Chao1、ObservedOTU、PDwholetree等，并配合Anova，LSD统计；

Beta多样性各种距离矩阵：BrayCurtis、Jaccard、WeightedUnifrac、UnweightedUnifrac等结果的树状图、箱线图、散点图展示样品间差异；并配合Adonis,Anosim,MRPP统计

有监督的主坐标轴分析(CCA/RDA)，展示组间差异，anova.cca统计

DESeq/edgeR/t.test/wilcoxon统计组间差异，计算Pvalue和FDR

热图、曼哈顿图、火山图展示两组间比较差异分类单元或OTU/ESV

韦恩图、三元图、网络图展示两组及多组间相同与不同

五、功能预测和机器学习

学习PICRUSt分析原理、常用结果展示样式及文章解读。实战进行







































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